Antes do encerramento do II Concílio do Vaticano (1962-65), o Papa Paulo VI cumpriu uma promessa feita, em novembro de 1965, de alterar os estatutos do «Santo Ofício». O jornal «Osservatore Romano», na edição de 6 e 7 de dezembro de 1965, publicou o «motu proprio» intitulado «Integrae Servandae» onde decide mudar, simultaneamente, o nome e os métodos do «Santo Ofício».
Dois ritmos diferentes de desenvolvimento aliados à concentração crescente da população formam duas sociedades economicamente e sociologicamente distintas: «uma sociedade moderna, em expansão económica e demográfica, e uma sociedade tradicional, estagnada e em retrocesso económico e demográfico, que rodeia a primeira e cujos recursos materiais e humanos são por esta amplamente aspirados».
Ao dar o seu testemunho na XXVII Semana de Estudos de Vida Consagrada, o padre Américo Veiga recordou que a "grande maioria ou a totalidade dos professores" da Academia de Moral dos Redentoristas, a funcionar na casa onde residia quando esteve em Roma, "eram consultores ou peritos do Concílio
"Ao cair do pano sobre o palco de São Pedro sucedeu completo silêncio do nosso patriarca durante os primeiros meses. Como se o que se passara não merecesse uma palavra! Chocou-nos e causou-nos mal-estar" (Conferência do padre Luis Azevedo Mafra).
Em exagero de notícia sensacional, "não faltou quem falasse de padres em favor da SS. Virgem ou contra..." (Certa imprensa, em especial na Itália, referiu-se bastante a um grupo numeroso de padres conciliares que seriam «nemici della Madona»). A verdade, porém, é que toda a assembleia do II Concílio do Vaticano admitiu entrar em discussão.
Existia um grupo no Seminário de Almada (na altura fazia parte do Patriarcado de Lisboa) que se reunia nos denominados «Encontros de Café» para assimilar as normas emanadas do II Concílio do Vaticano. Um desses elementos era o padre Albino Cleto (mais tarde nomeado bispo auxiliar de Lisboa e, posteriormente, bispo de Coimbra).
O trabalho comum do pastor e dos cristãos foi a nota teológica mais saliente das palavras proferidas por D. João Saraiva ao tomar posse, 13 de fevereiro de 1966, na Sé do Funchal (Madeira). "Quando um bispo entra numa diocese, todos desejam saber qual é o seu plano de ação e de trabalho. No meu caso, parece-me prematuro definir iniciativas ou esboçar orientações". Antes de definir os trabalhos pastorais, D. João Saraiva deseja "ver, observar e conhecer".
Quando entrou, a 30 de janeiro de 1966, na Diocese do Algarve, D. Júlio Tavares Rebimbas (Bunheiro, Murtosa, 21 de Janeiro de 1922 - Porto, 6 de Dezembro de 2010) deixou vários apelos e as suas palavras "comoveram profundamente muitos sacerdotes e fiéis algarvios".
Após o encerramento do II Concílio do Vaticano (dezembro de 1965), num curto período de tempo (23 de janeiro a 28 de fevereiro de 1966) foi assinalado pelo fato de seis bispos portugueses terem tomado posse de seus novos cargos, o que pode ser interpretado como sintoma e esperança de renovação pastoral.
O arcebispo de Lourenço Marques (Moçambique), D. Custódio Alvim, e o arcebispo de Évora, D. Manuel Trindade Salgueiro, foram os primeiros padres conciliares portugueses a discursar na I sessão do II Concílio do Vaticano que decorreu de 11 de Outubro a 08 de Dezembro de 1962.