A CNJP mergulha as suas raízes no pensamento do Concílio Vaticano II e na iniciativa de Paulo VI que, em 1967, cria na Santa Sé uma Comissão Pontifícia para a Justiça e a Paz (hoje, Conselho Pontifício) e encoraja os diferentes episcopados a promoverem a criação de comissões nacionais e diocesanas.
Em Portugal, a primeira Comissão Nacional Justiça e Paz surge já no começo dos anos oitenta, quase vinte anos depois do Concílio. De então para cá, as diferentes comissões têm adoptado composição, perfil e modo de funcionamento diversos.